Natters ist ein uralter Siedlungsboden, der durch Funde aus der ersten Hälfte des vorchristlichen Jahrtausends bezeugt ist. Römerzeitliche Funde "Der Tote im Weinbehälter" aus dem ersten nachchristlichen Jahrhundert und germanische Reihengräber aus dem 7. Jahrhundert n.Chr. beweisen eine ununterbrochene Siedlung über alle Zeitläufe hinweg. 1151 wird "Naters" in der Schenkungsurkunde der Grafen von Andechs an das Kloster Dießen am Ammersee erstmals urkundlich erwähnt. Im Steuerregister von 1313 wird Natters mit "Oedenhusen" als Steuer-, Wirtschafts- und Flurgemeinde angeführt. Kirchlich gehörte Natters zur Urpfarre Wilten. 1784 wurde eine Kuratie errichtet. 1786 eine Pfarre für Mutters und Natters gegründet. Ab 1949 war Natters eine eigene Seelsorge. Erst am 12.12.1976 wurde Natters eine eigene Pfarre. Die Pfarrkirche zum Hl. Michael wird 1376 urkundlich erwähnt, die jetzige Kirche wurde 1451 geweiht, im 18. Jahrhundert innen barockisiert und 1909 neugotisch restauriert. Eine besondere Zierde des Dorfes ist die Waidburg. Sie wurde um 1518 vom Innsbrucker Bürger Wendelin Yphofer und dessen Bruder Ambrosi erbaut und zu einem Edelsitz erhoben, der später im Besitz verschiedener Bürger und Adeliger war. Die Gemeinde Natters, heute Besitzerin des Ansitzes, ließ die Waidburg restaurieren und zu einem Gemeindehaus umgestalten. Auf einem das Silltal beherrschenden Hügel südlich des Berg Isels, der der Brennerautobahn weichen musste, stand die Sonnenburg, die 1253 erstmals urkundlich erwähnt wurde und landesfürstliches Eigentum war. Sie war der Sitz eines Landrichters. Im 15. Jahrhundert wurde allerdings der Gerichtssitz nach Vellenberg bei Götzens verlegt, doch blieb für das Landgericht die Bezeichnung Sonnenburg. Eingedenk der hohen Bedeutung der Sonnenburg wurde sie im Wappen der Gemeinde Natters verewigt. Der Natterer See wurde um 1480 unter Erzherzog Siegmund als Oedenhauser Weiher gebaut. Im Fischereibuch Kaiser Maximilians wurde er als dreijähriger Ablasssee beschrieben. Um 1600 scheint er ausgetrocknet zu sein. 1928 wurde ein Teil des ca. 5 ha großen Seegeländes zum Zwecke der Errichtung einer Badeanstalt wieder mit Wasser gefüllt, wodurch der neue Natterer See entstand. Bemerkenswerte geschichtliche Daten sind: 1564 Erwähnung einer Schule in Natters, 1877 Einweihung des Gilmsteines beim Bleichbrünnl (Hermann von Gilm, Dichter), 1910 Eröffnung des Waldspielplatzes des Innsbrucker Turnvereines am Natterer Boden und 1940 Errichtung der Lungenheilstätte Natters, welche im Laufe der Zeit zu einem anerkannten Landeskrankenhaus ausgebaut wurde. Im Jahr 1904 wurde die Stubaitalbahn in Betrieb genommen, die heute noch die wichtigste öffentliche Verkehrsverbindung nach Innsbruck darstellt. 1984 und 1988 war Natters Austragungsort der Langlaufbewerbe der Weltwinterspiele für Körperbehinderte und stand für jeweils eine Woche im Rampenlicht der Weltsportinteresses. Während dieser Spiele wehte die Olympische Fahne in Natters. Eine Ehre, die wohl nur ganz wenigen Gemeinden auf der ganzen Welt zu teil wurde. Aus diesem Anlass wurde Natters neben vielen höchstrangigen Prominenten auch vom Österreichischen Bundespräsidenten Dr. Kirchschläger und Königin Silvia von Schweden besucht.

An der Uni Innsbruck gibt es eine Dissertation zum Thema "Siedlungs-, Wirtschafts- und Kulturgeschichte der drei Gemeinden Natters, Mutters und Kreit" von Fr. Dr. Sylvia Sterner-Rainer, die unter nachstehendem Link einsehbar ist: https://diglib.uibk.ac.at/download/pdf/74815